2065, Aki Ross, jeune scientifique vit dans un monde de désolation, de tristesse ou la mort fait partie du quotidien. La Terre envahi par des créatures à la fois étranges et maléfiques s'en prennent aux humains en leur prenant leur esprit, ne laissant qu'un corps sans vie après leur passage.Les gens se réfugient dans des cités protégées par des champs de force (villes bulles) pour échapper à une mort certaine. Aki, accompagnée de soldats, pense pouvoir trouver la clé de la résurrection et la fin au cauchemar en rassemblant les dernières formes de vie.