Une année a passée depuis la fin de la guerre et une paix fragile est conservée tant bien que mal entre les PLANTS et l'Alliance Terrestre.

Tout dégénère lorsque les derniers Gundam de ZAFT sont dérobés par des inconnus. Suite à la bataille que ce vol a provoqué, le vaisseau le plus récent de la flotte de ZAFT, le Minerva, se lance à la poursuite des trois Gundam volés avec à son bord Shinn Asuka, pilote de l'un des seuls Gundams l'Impulse (ZGMF-X56S) ayant échappé au vol.

Peu après, il est rejoint par le pilote du Saviour Gundam (ZGMF-X23S), Athrun Zala, ancien soldat de ZAFT qui s'est réengagé dans l'armée aux côtés du dirigeant Dullindal des colonies PLANT. Mais l'organisation Blue cosmos, à l'origine de la guerre précédente, met son grain de sel et déclenche une guerre entre l'Alliance Terrestre et ZAFT. Comment l'Archangel et son equipage vont-ils pouvoir mettre fin à cette guerre?